雖然擊敗了江西反賊，控制了整個南京，但接下來還有很多仗要打。要出兵攻下江西，抓住膽敢自立為監國的朱由崧，還要兵發湖廣，消滅膽敢造反的湖廣叛逆。浙江福建，廣東都有士紳聚衆造反，也都得派遣大軍一一平定。
總而言之，至少需要數年時間，才能徹底平定整個長江以南。
出兵打仗自然需要軍隊，對地方軍隊朱由檢根本不信任，而且擊敗反賊占領各地以後，還要進行均田建立鄉鎮，更需要強大的軍隊為後援。
所以，招募新兵，建立一支強大的江南禁衛軍勢在必行。現有的十餘萬禁衛軍，主要布置在九邊，要對付建奴餘孽，還要監控漠南的蒙古人，不能輕易調動。
至于現在南京城内這兩萬禁衛軍，有将近一半是李彥直的福建水師，主要任務是控制大明海疆，為海貿保駕護航，此次調來已經是迫不得已，而正因為他們的調離，才使得福建士紳膽子變大，竟然敢在福建聚衆造反。
此次大戰，福建禁衛軍損失很大，出征時一萬餘人，現在剩下隻有七千餘，損失将近三成。現在南京之戰結束，無論是為了撲滅福建士紳造反，還是重新控制海疆，都必須把他們迅速調回福建。
海貿利益巨大，朱由檢根本無法放棄，若是福建水師長久不歸，海上敵對勢力必然蠢蠢欲動，說不定會攻擊海貿商行的船隊，好容易控制的海貿說不定會出現亂子，朱由檢可不想看到這種情形出現。
剩下的萬餘精兵，有三千是張世澤所部延綏兵，剩下的都是護衛朱由檢南巡的京師禁衛軍。張世澤早晚要率部返回延綏，朱由檢也不能久離北京，這些軍隊都得調回。所以必須編練新軍，才能控制整個江南。
至于江南禁衛軍新軍兵源，主要有三個方面。一是那八萬江東農兵，再就是俘虜的十多萬反賊兵，第三就是洪承疇征召的數萬南京鄉勇。
江東農兵，從征召到現在不過一個多月時間，操練的時間太短，連統一的軍裝都沒有，根本算不得軍隊，最起碼距離禁衛軍的标準還很遠。
若是論兵源的話，其實以江東農兵最為合适。因為已經開展的分田分地，翻身做了主人，這些農兵忠心方面完全沒有問題。而且都是農民，踏實肯幹，老實聽話，是最好的兵源人選。而最重要的是這些農兵都經過了一段時間的操練，有了一定的基礎。
不過一支軍隊不能都是一個地方的人，不然将來肯定會在軍中出現地方軍官團體。而且這八萬全部加入的話數量也太多，而江東各府失去了這八萬壯勞力，對地方發展也會有影響。很多農兵是家裡的頂梁柱，還有好多是獨生子，根本不适合長時間當兵在外。
在和洪承疇、袁可立等人商議後，經過慎重考慮，朱由檢決定給江東農兵四萬名額，也就是說，會從這八萬人中抽調四萬人編入禁衛新軍。
禁衛軍的待遇衆所周知，平均饷銀是其他軍隊兩倍以上，而且饷銀按時發放從不克扣，一人當兵所獲饷銀，足以養活一家。最重要的是禁衛軍的地位，每年地方鄉鎮官吏的人選會從禁衛軍退役官兵從挑選。普通禁衛軍士兵退役歸鄉之後，當個村長，或者在鄉鎮政府中當個吏員毫無問題。
這對普通百姓來說是莫大的吸引。對普通百姓來說，以往想當官隻有一個途徑，便是讀書，但不是所有人讀書都有天分，更多的是讀書不行的普通人，而現在，這些普通人多了一個選擇，可以選擇參軍，退役以後便可去政府做事。
成立禁衛軍新軍的事情一經傳出，立刻在農兵中引起了轟動，所有農兵都躍躍欲試，都希望能夠選中自己。等到正式選調之時，競争會有多麼激烈可以想象。
至于南京鄉勇，并不是所有人都想當兵。畢竟好男不當兵的觀念早已深入人心。而且這些鄉勇都是南京人，堂堂正正的京城人，平日裡隻要踏實肯幹，賺錢要比其他地方容易的多，很多人對當兵并不敢興趣。這些鄉勇之所以應征為鄉勇，是因為戰事在即，一是害怕城破後自家會遭難，再就是加入鄉勇可以掙得一份錢糧，用以養家。
現在戰争結束了，他們完全可以重操舊業，賺錢養家并無多少問題，自然不願背井離鄉當兵打仗。
當然也不是所有人都不願當兵，也有相當一部分鄉勇願意加入禁衛軍。畢竟再是京城人，也有很窮的，禁衛軍的饷銀有相當的吸引力。再就是看重了禁衛軍的地位，想着以後能獲得一個官府身份，加入禁衛軍是一個不錯的途徑。
事實上對要不要從南京本地人征召禁衛軍，李彥直張世澤洪承疇等臣也有争論。按照李彥直的看法，根本就不需要從城市人中征兵，城市人太過油滑，不是當兵的好人選。
洪承疇卻堅持應該給鄉勇們一定名額，因為畢竟這些鄉勇在守城中出力不小。若是沒有這些鄉勇，想堅守南京内城一個月絕無可能。
仔細考慮後，朱由檢決定給予南京鄉勇兩萬名額，用于犒賞他們的功勞。
至于剩下的四萬名額，則全部給予十多萬俘虜。
之所以在俘虜中招兵，是出于多重考慮。
一是為了穩定俘虜之心，為将來反攻江西乃至在江西進行均田改制做好準備。這些俘虜來自江西各地，大部分是造反的江西貧民，剩下的是原江西衛所兵，都生活在社會底層。把他們中的一部分吸納入禁衛軍，宣揚皇帝即将施行的政策，将來可以通過他們迅速穩定整個江西。
再就是這些俘虜素質确實不錯，無論是先前的衛所兵，還是原先造反的反賊，都出自社會底層，原先都是吃苦耐勞的百姓，而且都具備了一定的軍事素質，招納他們入禁衛軍，至少會省去很多訓練的時間。
分配好兵額之後，接下來便是練兵将領人選。經過慎重考慮之後，朱由檢決定，由平北侯延綏總兵張世澤為練兵總理，全權負責禁衛行軍的操練。而張世澤所部延綏兵三千人，再加上李定國所部千餘人，以這四千人為基礎，編練十萬禁衛軍。