激戰了數個月的南京城終于重歸和平，内外城各城門皆被打開，不再限制百姓出城進城。每道城門皆車水馬龍，車輛百姓川流不息。
大量的物質運入城中，城郊的百姓擔着幹柴菜蔬入城販賣。秦淮河畔的三山門最為繁忙，大量的船隻在秦淮河中停泊，排隊等着從水門進入内城。
秦淮河中的沉船已經被打牢出來，擱淺的三艘海船也被數百纖夫拉回了長江，從長江經秦淮河進入内城的道路現在暢通無阻。
而要說最忙碌的還是外城，先前征調的數萬鄉勇并未解散，而是在江南總督府的命令下，正在清理外城。
先前的戰鬥中，反賊在外城修築了太多的街壘營堡，整個外城所有街道都被街壘封鎖，不拆掉這些街壘，别說城外的物質運不進來，便是百姓們的出行也會受到影響。
修築街壘拆掉了太多百姓的房屋，因此有數以萬計的百姓失去了房屋，一個多月的戰事，因為寒冷而凍死的百姓便有數千之多，大街上拉運屍體的車輛接連不斷。
撤掉街壘，幫助百姓重新修建房屋，這便是鄉勇還有農兵們正在做的事情。
朱由檢已經下旨，南京戰事已經結束，從此以後不允許一個南京百姓凍死餓死，無償幫助百姓修整房屋，施粥赈濟吃不上飯的貧民。此舉令整個南京城的百姓感恩戴德，皆呼皇帝仁慈。很多百姓主動加入清理重建家園的行列。
善待百姓，這是朱由檢魂遊四百年最大收獲。得人心者得天下，隻要能得到天下百姓愛戴，不用擔心一切阻礙！
當然，朱由檢的仁慈不是針對所有人，對那些投降反賊的士紳，對那些開城放反賊入城的勳貴文官武将，朱由檢的态度比嚴冬還要寒冷！
整個外城全部收複，禁衛軍徹底控制了内外城城防，逃跑的袁崇煥一行被李定國俘虜抓回，而被袁崇煥抛棄的文官勳貴更是無路可逃，除了少數人自知走到絕路為了免除屈辱選擇了自盡，其他勳貴文官如傅振尚、熊明遇、張拱日等皆被俘虜。
南京刑部大牢，應天府、上元、江甯二縣的牢房，全部被塞得滿滿的，關滿了這些昔日的士紳權貴。
皇帝行宮，朱由檢也多次舉行朝議，商議如何處置這些人。最終的決定是從嚴從速！
經過了錦衣衛連夜審訊，詢問出了大量口供，凡是和反賊有牽涉之人，隻要沒逃出南京城，全部被抓。南京城内二十多家勳貴，牽涉進逆案的多達十八家之多，隻有懷遠侯常延齡寥寥數家勳貴，堅決拒絕投降反賊，其他幾個勳貴戰死，懷遠侯常延齡當時奉命守衛外城觀音門，殺掉了勸降的反賊使者，帶領部下死守觀音門，等到了洪承疇從内城派兵支援。外城諸多城門中，唯有城北位于江邊的觀音門還在朝廷軍隊控制中，使得援軍得以從觀音門進入南京城，常延齡功勞不小。
南京六部官員，幾乎都牽涉到逆案之中，從南京六部到應天府，四品以上官員全部被抓，罪名皆是從逆，其中也許有冤枉者，但沒人會在乎。
至于南京城内的士紳，以錢謙益為首，更是大部分選擇從逆，很多士紳被袁崇煥納入幕府，或者充任各級官員，派往各府縣任職。對這些被派出的士紳，等到各府收複，誰也跑不了。而還留在南京城中的士紳，則全部被抓捕，由錦衣衛審其罪行。
“袁崇煥，身為江西巡撫，深受國恩，卻做出附逆之事，南京之所以出現此亂，皆由此人而起。臣以為當從重處置，判以腰斬之刑！”袁可立建議道。
抓捕的人太多，審訊處置工作太過繁雜，錦衣衛指揮同知劉文炳抓人言行逼供還行，讓他給罪犯定罪卻是為難了他，朱由檢便給袁可立加左都禦史銜，讓他總責此事。
“腰斬是不是過輕了？”朱由檢微微皺眉。另一個時空，袁崇煥因放縱建奴入關被處以淩遲之刑，說實話，當時施刑過重，建奴繞道蒙古入關搶掠也不能說全是袁崇煥之錯，不過是因為其身在薊遼督師位置上，不得不承擔責任而已。
而現在，袁崇煥身為朝廷巡撫，和反賊勾結，擁立廢福王世子朱由崧為監國，試圖和自己争奪江山，并率二十萬大軍順江而下攻打南京，以至于江南糜爛生靈塗炭，犯下了十惡不赦之大罪，如此重罪僅僅腰斬太過便宜了他！
“袁崇煥之罪，罪大惡極，當判以淩遲之刑，非如此不足以震懾人心，不足以為亂臣賊子戒！”朱由檢擲地有聲道。
“陛下所言甚是！”袁可立點點頭，并未多話。恩出于上，罰也出于上，他給袁崇煥定下腰斬，本就有轉圜的空間。若是朱由檢認為懲罰過于嚴重，可以降為斬首或者絞刑，若是認為過輕，可以從重升為淩遲。
南京之戰，袁崇煥是首罪，當先定下，至于其他人，也大都從重處置。隆平侯張拱日，投降反賊，打開鳳台門接引反賊進入外城，以叛逆罪處以腰斬之刑，除爵抄家。魏國公世子徐文爵，率衆投降，判以斬首之刑，除爵抄家。便是一直呆在内城的魏國公徐弘基，也以暗中勾結反賊之罪，被判處絞刑，除爵抄家。在南京存在二百多年的魏國公府，大明開國第一功臣徐達一系，從此不複存在。
至于其他投降反賊的勳貴，也都判處斬首除爵抄家，其家人盡皆流放到海南或台灣島。
接下來便是投降反賊的南京官員，自南京兵部尚書傅振尚一下，從逆的官員一律被判斬首，對此朱由檢毫無疑義。當看到錢謙益的名字時，朱由檢微微愣了一下。
錢謙益，前禮部侍郎，東林黨黨魁，天啟年間被罷官後一直呆在南京，此次主動歸附反賊，深為袁崇煥器重，多次為袁崇煥出謀劃策，随同袁崇煥逃跑時被李定國部下抓住，經過審判之後，同樣被定下了抄家問斬之刑。
朱由檢想了想後，親自提筆改了判詞。
“判以沉江溺斃之刑......”袁可立看着被改的判詞，擡起頭來不解的看着朱由檢。