馬超推行這次大變革的第二大類法規，針對的是軍中的事宜。
無論是民生還是商業，一切的一切，都是在為國富民強打基礎，而一個勢力的強弱，最直接的體現，便是體現在軍隊的戰鬥力上。對此，馬超是絕不會忽視的。
為此，馬超對西涼所屬的軍隊，也進行了一次曆史性的改革。
首先，針對戰時的複雜情況，馬超推出了軍中令。在軍中令中，規定無論是地方軍還是正規軍，甚至是奔雷騎和破軍陣兩支精銳，都不得有絲毫的違反。從擊鼓則進，鳴金則退的最基本軍事條例開始，一直到大兵團多兵種協同作戰的進退之法，軍中令都做出了明确的規定，一旦有人違反，則會按照軍中令中所規定的九禁十八斬的軍法，予以嚴厲的懲處。
軍中令中有嚴厲的一面，也有優待将士們的一面。比如說，軍中令中規定了将士們日常的食譜，凡是正式在編的軍士，都必須保證每日三餐，三餐中必須有一頓要帶有葷腥，葷素搭配，保證将士們的身體機能始終保持在較高的水準。同時還明确規定了各級将士們的軍饷，暫定為每三個月發放一次，任何人不得以任何理由，對将士們的口糧和軍饷進行克扣，一經發現，按照九禁十八斬之令，就地格殺。
其次，馬超還頒布了戍卒令。戍卒令是針對沒有戰事的情況下，對西涼将士們的日常令法。戍卒令中，詳細的規定了西涼将士們的構成框架，規定中央軍中，每十人為一隊，設隊長一名；每五隊為一大隊，設隊率一名；每兩大隊為一屯，設屯長一名；每五屯為一曲，設軍侯一名；每兩曲為一部，設校尉一名；每五部為一營，由制定的将軍擔任指揮官。
戍卒令的頒布，無形之中廢除了自秦漢以來，維持了數百年之久的軍事結構，将原本等級繁多的軍事框架，簡化成了自上至下的六個等級，不但有效的縮短了軍令下達的過程，使各級将士的行動更趨于迅捷，更是大大減少了将軍們之中，有人利用空頭士兵吃空饷的可能，起到了軍中反腐的作用。
而且，戍卒令的推行，限定了指揮士兵們的将軍，最多隻能直接調度一個營兵馬，也就是五千人之衆，沒有馬超臨時授予的虎符，是絕對沒有辦法大規模的調動軍馬的，這樣一來，也就基本上不可能出現有人擁兵自重，進行謀逆的事情發生了。
當然，也有士兵上限超過五千人的編制存在，那就是馬超親自統率的奔雷騎和破軍陣這兩支精銳了。這兩支精銳的編制，是淩駕于普通軍隊編制之上的，每支精銳滿編的人數，都在兩萬人左右。這兩支精銳可是馬超一手訓練出來的，直接聽從馬超的指揮，旁人沒有馬超的命令，是鐵定指揮不動他們的。
借着這次變革，馬超在軍事方面，對西涼十餘萬将士們，也進行了一番調整。為長久計，馬超再次下令從西涼境内招募三萬名戰士，暫時編入各地的駐軍中，進行新兵的訓練。同時從各地抽調一萬五千名精銳，上調到了正規軍中。之後又在正規軍中，精挑細選出了一萬人，補充到傷了元氣的奔雷騎中，保持着奔雷騎兩萬精銳之數。
在這次募兵的過程中，兵源主要是從西涼本地人，和已經漸漸融入西涼的羌氐人群之中進行招募，外來的流民暫時不列為招募的對象中。除非是身懷絕技之人，經過現場考官的審核之後，才可以進入招募的行列，之後在通過複試與審核，才能正式成為西涼軍的一員。
在招募新兵的過程中，馬超還下令再次組建了一支特殊的部隊。這支部隊，不要求戰鬥力有多高，唯一的條件，便是懂醫術或者是懂獸醫之術，而且醫術越精深越好。鑒于在讨伐董卓的過程中，數千奔雷騎戰死于此役，馬超真切的認識到了軍醫的重要性，有的時候，一名好的軍醫，其作用甚至不亞于一支千人的部隊。同理，一個好的獸醫，對于一支部隊的重要性，也是不言而喻的，可以讓将士們受傷的戰馬得到精心的照料，盡快的擺脫傷病。尤其是奔雷騎，對獸醫的需求，可是很迫切的。
這支新組建的特殊部隊，馬超親自為其命名為“青囊軍”。顧名思義，負責這支部隊的人，從其名号上，便已經呼之欲出了，自然是著就了青囊書的華佗。華佗雖然隻是個醫者，在馬超的部隊中也沒有正式的官職，可誰都知道馬超是華佗的弟子，更清楚華佗那一手出神入化的醫術，由華佗指揮青囊軍，可是沒有誰會不服氣的。
雖說青囊軍不要求戰鬥力，可在戰時跑來跑去的救助傷員，也是需要體力的，所以對青囊軍的訓練，也是必須的，至少他們必須得跟得上戰鬥的節奏才行。因此，馬超還指定張繡為青囊軍的軍事長官，與華佗共同負責青囊軍的組建與訓練。
為了保證軍中令和戍卒令的落實，馬超特意讓軍師中郎将賈诩予以監督，同時在正規軍中和地方上，設立軍司馬一職，由忠貞的将領擔任，确保兩項軍令傳達落實到西涼的每一個角落，真正作用到每一名士卒的身上。
接下來，才是馬超這次變革中的重中之重。那就是對吏治的改革。
馬超很明白，千裡之堤，往往毀于蟻穴。官位再小，若是心術不正，也足以危及一方，甚至禍亂整個西涼。早些年，在休屠縣發現鐵礦的時候，馬超就曾親手斬殺了一名貪贓枉法的縣令，那是個小官巨貪的典型，為了私人之利，不惜出賣鐵礦資源給異族人，數年間撈取了數之不盡的财富，馬超是絕不會容忍這樣的官員，存在于自己的西涼軍事集團之中的。
為此，馬超制定了晉遷令，規定任何官員的升遷，都必須要經過從郡到州，至少兩級官員的考核，而後上報到冠軍侯府，由馬超派專人再次進行審查，之後在根據其功績，進行相應的升遷。避免一些不學無術，隻知道通過賄賂而爬上高位的人，出現在西涼的官吏系統中。
掌管官吏的晉升，是件大事，也是國之根本，吏治的清明，是長治久安的重要保證。為了能讓晉遷令得以十足十的實施，馬超任命鄭泰為西涼别駕，負責各級官員的考核和督查工作，如果發現現有的官員中，有不作為或是不能勝任的，隻要證據确鑿，鄭泰可以在禀告馬超之後，将其就地免職。相反，若是有人在低級别的位置上，做出了巨大的成績，鄭泰也可以對其進行破格的提拔。
與晉遷令同時頒布的，還有薦賢令。西涼的各郡，都以郡府的名義，廣為張貼告令，進行招募賢才。如有願意應聘的，隻需要揭下張貼着的薦賢令，來到各郡的郡府，自然會有人對他們進行初次的考核。初次考核通過之後，會有更高層次的座談，各郡負責挑選賢才的人，通過這樣的方式，了解揭令之人的心性和志向，以及具體的才能，遇到出色的人物，便上報給各郡的郡守；更出色一些的，郡守們便會直接通知鄭泰，由鄭泰派專人或者是親自來進行考核，通過考核的，則是直接授予相應的官職。
舉賢不避親，在舉賢令施行的過程中，鄭泰便舉薦了自己的弟弟鄭渾。鄭渾其人，在這個時代名聲并不響亮，可隻要有後世曆史知識的人，便知道鄭渾的大名，甚至比他的兄長鄭泰，還要響亮的多。為什麼呢？因為鄭渾有着出色的鍛造技巧，号稱關中第一能工巧匠，許多的神兵利器，都是出自鄭渾之手。
鄭泰舉薦了鄭渾，令馬超大為高興，立刻授予鄭渾官職，令他前往休屠，與韓暨一起負責軍械的打造。并成立了金戈司，任命韓暨和鄭渾為正副司督，共同擔負起為西涼将士們的打造利器、堅甲的事宜。
令馬超沒想到的是，自己的父親馬騰這次也給他拉來了一位特殊的人才，這個人，就是馬氏家族的馬鈞。馬鈞字德衡，比馬超小了數歲，按馬氏家族的輩分論，馬鈞乃是馬超的堂弟。
馬鈞這個人，沉默寡言，而且有口吃的毛病，說話不甚清晰，可是他自幼便心思奇巧，善于制作各種超乎人們想象的東西，後世流傳的織布機、水車等物，都是馬鈞智慧的結晶。得到馬鈞，馬超可謂是不勝欣喜，将其留在了自己的身邊，視之如同親生兄弟一般。隻等着他再長大幾歲之後，創造出一個又一個的奇迹來。
通過晉遷令和薦賢令，馬超再次獲得了一大批的人才，并罷免了少數沒有作為的昏官，西涼吏治的清明和辦事效率，再次得到了顯著的提升，大大提高了西涼迅速走向強盛的速度。